L’Unità effettua una diagnostica molecolare integrata che accanto alle tecniche tradizionali di sequenziamento diretto, pyrosequencing e real-time, utilizza innovative piattaforme di NGS (Next Generation Sequencing) dotate di elevata sensibilità che permettono l’analisi simultanea di diversi geni clinicamente rilevanti e di mettere in evidenza alterazioni molecolari di varia natura, quali alterazioni puntiformi ma anche ampi riarrangiamenti genomici. L’attività diagnostica si articola nelle seguenti macroaree:

ONCOLOGIA MOLECOLARE (analisi del profilo genetico del tumore)

• Ricerca di alterazioni molecolari in specifici bersagli terapeutici per il carcinoma polmonare (EGFR, BRAF, KRAS, ALK, ROS1, RET, MET exon skipping 14, NTRK)
• Ricerca di biomarcatori predittivi di risposta a specifiche terapie nel melanoma (BRAF, NRAS, KIT)
• Ricerca di mutazioni prognostiche e/o predittive di resistenza a farmaci nel carcinoma del colon-retto (BRAF, KRAS, NRAS)
• Ricerca di alterazioni molecolari nei tumori tiroidei (KRAS, NRAS, HRAS, BRAF, RET/PTC1, RET/PTC3, PAX8/PPARγ)
• Ricerca di biomarcatori predittivi di risposta a specifiche terapie nei GIST (cKIT e PDGFRα)
• Valutazione dello stato di metilazione del promotore MGMT per la risposta al temozolomide
• Ricerca di mutazioni a carico di IDH1 e IDH2 che pur favorendo l’insorgenza e lo sviluppo del glioma, sembrano associarsi ad una prognosi migliore nei pazienti
• Determinazione della Instabilità dei Microsatelliti (MSI) come biomarcatore agnostico predittivo di risposta all’immunoterapia
• Determinazione mediante pannello NGS dello stato mutazionale di differenti geni tumore-specifici in campioni di DNA isolato da tessuto (ALK, FGFR3, KIT, PDGFRA, BRAF, HRAS, KRAS, PIK3 CA, EGFR, IDH1, MET, RET, ERBB2, IDH2, NRAS, ROS1)
• Determinazione mediante pannello NGS della presenza di fusioni geniche di ALK, ROS1, RET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, FGFR2, FGFR3, PPARγ e dello skipping dell’esone 14 di MET nell’RNA estratto da tessuto tumorale
• Ricerca di mutazioni somatiche in geni coinvolti nel pathway di Riparo del DNA per Ricombinazione Omologa (HRR) come biomarcatori prognostici e predittivi di risposta alla terapia con PARP inibitori nei tumori della mammella, ovaio, endometrio, prostata, pancreas (pannello NGS 20 geni: ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, FANCL, PALB2, PIK3CA, PPP2R2A, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, TP53, ESR1, POLD1, POLE)
• Valutazione dello stato mutazionale del gene EGFR da biopsia liquida (ctDNA) per la diagnosi e monitoraggio delle resistenze alla terapia in pazienti con NSCLC
• Analisi intraoperatoria del linfonodo sentinella mediante tecnologia OSNA che permette di individuare la presenza di macrometastasi e micrometastasi, consentendo al chirurgo di eseguire immediatamente la dissezione ascellare evitando alla paziente un secondo intervento chirurgico
• Test genomico per il tumore al seno (ENDOPREDICT). Si tratta dell’analisi dei profili di espressione genica per le pazienti con diagnosi di carcinoma mammario, in stadio iniziale, ER-positivi e HER2 negativo. Il test EndoPredict analizza l'attività di 12 geni nelle cellule neoplastiche e, includendo anche la dimensione del tumore e lo stato patologico dei linfonodi ascellari, fornisce un punteggio di rischio (basso od alto rischio) di carcinoma mammario ricorrente come metastasi a distanza. La conoscenza del rischio di recidiva può aiutare le donne e i clinici a decidere se siano necessari la chemioterapia o altri trattamenti per ridurre il rischio dopo l'intervento chirurgico
• Test genomico per il tumore della prostata (PROLARIS). Si tratta dell’analisi dei profili di espressione genica per pazienti con diagnosi di tumore prostatico localizzato. Il test Prolaris misura l’espressione di 16 geni associati al ciclo cellulare in tessuto bioptico e, combinando il dato con i parametri clinici del paziente, fornisce un punteggio di rischio di mortalità a 10 anni con terapia conservativa e il rischio di metastasi a 10 anni dopo terapia definitiva (chirurgia o radioterapia).

FARMACOGENETICA

• Determinazione dei polimorfismi predittivi di risposta/tossicità al trattamento chemio-radioterapico responsabili della variabilità interindividuale nella risposta ai farmaci chemioterapici più comuni (fluoropirimidine, derivati del platino, irinotecano, taxani, methotrexato, antracicline, agenti alchilanti, tamoxifene, inibitori delle aromatasi, radioterapia)

GENETICA ONCOLOGICA (analisi di geni di predisposizione ai tumori eredo-familiari)

• Analisi mutazionale dei geni BRCA1 e BRCA2 di predisposizione al tumore ereditario della mammella, ovaio, pancreas e prostata sia da DNA germinale che da DNA estratto da tessuto tumorale
• Analisi mutazionale dei geni del Mismatch Repair (MMR) (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, 3’UTR EPCAM)
• Analisi mutazionale dei geni APC e MUTYH di predisposizione alla Poliposi Adenomatosa Familiare (FAP)
• Analisi mutazionale dei geni di predisposizione ai tumori eredo-familiari mediante pannelli NGS multigenici (pannello 26 geni: BRCA1, BRCA2, PALB2, CHEK2, BARD1, BRIP1, RAD51C, RAD51D, TP53, MRE11, RAD50, NBN, ABRAXAS1, ATM, STK11, PIK3CA, PTEN, CDH1, MUTYH, APC, XRCC2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM; pannello 38 geni: BRCA1, BRCA2, PALB2, CHEK2, BRIP1, RAD51C, RAD51D, TP53, CDK4, GREM1, VHL, RET, SMAD4, ATM, STK11, PTEN, CDH1, CDKN2A, MAX, POLD1, SCG5, SDHC, TMEM127, SDHB, SDHD, PMS2CL, MUTYH, APC, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, BMPR1A, FH, NTHL1, POLE, SDHAF2)
• Analisi molecolare per ricerca di grossi riarrangiamenti intragenici (delezioni/duplicazioni esoniche) nei geni BRCA1 e BRCA2 mediante metodica MAQ (Multiplex Amplicon Quantification).

AMBULATORIO DEI TUMORI EREDO FAMILIARI dedicato alla valutazione del rischio oncologico, consulenza oncogenetica e programmi di riduzione del rischio

ONCOVIROLOGIA

• Rilevamento e genotipizzazione dei ceppi ad elevato potenziale oncogeno del Papillomavirus (HPV-DNA) coinvolti nella genesi delle lesioni displastiche e neoplastiche degli epiteli della cervice uterina e del distretto testa-collo
• Analisi di espressione delle oncoproteine E6-E7 per la valutazione del DNA integrato di genotipi ad alto rischio di HPV nella diagnosi precoce del carcinoma delle cervice uterina e come marker prognostico dei tumori testa-collo

ANALISI DEL MICROBIOTA INTESTINALE basato sull’amplificazione mediante PCR delle regioni ipervariabili del 16S rDNA batterico, che consentono l’identificazione della maggior parte delle popolazioni batteriche presenti nell’intestino al fine di rilevare la presenza di disbiosi, ossia l’alterazione dell’ecosistema microbico intestinale. Il ruolo del Microbiota, nella condizione di completo equilibrio definita Eubiosi, è quello di codificare enzimi e proteine indispensabili per il corretto funzionamento del sistema immunitario, per il metabolismo delle vitamine e per la funzione di difesa del nostro apparato digerente.